La serie es uno de los mayores éxitos de FOX y es una de las series más premiadas de la historia, siendo nominada para 141 premios de los que ganó un total de 61 premios individuales de 24 agencias diferentes, incluyendo Premios Emmy, Globos de Oro, Environmental Media Awards y Premios del Sindicato de Actores. Sus personajes y frases se han convertido en íconos de la cultura popular al explotar e inspirar una gran cantidad de teorías sobre conspiraciones y la existencia de vida extraterrestre. La popularidad de la serie impulsó a Carter y sus socios a producir en 1998 la película The X-Files: Fight the Future, dirigida por Rob S. Bowman. El 29 de octubre de 2007, se informó de que el rodaje de una segunda película sobre la serie titulada The X-Files: I Want to Believe comenzaría en Vancouver el 10 de diciembre de 2007. La película se estrenó el 25 de julio de 2008.3​ En una entrevista con Entertainment Weekly, Chris Carter afirmó que si I Want to Believe tenía éxito, se plantearía realizar una tercera película centrada en el argumento de la serie y enfocada a la invasión extraterrestre que quedó pendiente en ésta.4​ En el momento de emisión del episodio final de la novena temporada, The Truth (9x19), The X-Files era la serie de ciencia ficción con más tiempo en la televisión de Estados Unidos, condición que perdió al poco tiempo en favor de Stargate SG-1. El programa fue considerado por TV Guide como el trigesimoseptimo mejor de todos los tiempos,5​ y el segundo en la clasificación de series de culto, solo superado por Star Trek.6​ En 2007, la revista Time incluyó la serie en una lista de los «100 mejores programas de televisión de todos los tiempos».7​ En 2008, Entertainment Weekly la nombró como la cuarta mejor obra de ciencia ficción8​ y la cuarta mejor serie de televisión de los últimos 25 años.9​ El 24 de enero de 2016, FOX estrenó una décima temporada que continúa con la trama de la serie original.10​ La undécima temporada de la serie se estrenó el 3 de enero de 2018, continuando con el argumento que comenzó con la décima temporada estrenada en 2016